Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis

Resumen:
Español

Los auquenorrincos (chicharritas o cotorritas) son insectos exclusivamente fitófagos, que pueden causar importantes daños económicos sobre los cultivos. Una de las enfermedades vectorizadas por ellos es el achaparramiento del maíz o Corn Stunt Disease, potencialmente una de las enfermedades más serias del cultivo de maíz, capaz de causar pérdidas parciales o totales en la producci ón en las zonas afectadas. En Argentina, Dalbulusmaidis (Hemiptera: Auchenorrhyncha) es el único vector a campo conocido como transmisor del Spiroplasmakunkelii , patógeno causal del Corn Stunt . Dada su importancia como plaga en la agricultura, se secuenció el transcriptoma de todos los estadios del ciclo de vida de este insecto (huevos, 5 estadios ninfales y dos muestras de adultos). Se utilizó un pool de insectos para abarcar la mayor cantidad de genes expresados. Como la información genómica de Dalbulusma idis no está disponible, se realizó el ensamblado de novo . Se compararon los ensambles realizados con 3 programas: VELVET OASES, ABySS y Trinity. Se evaluaron utilizando métricas (N50, longitud de contig ) y medidas de cobertura (CEG, BUSCO). En base a es tosanálisis, se decidió buscar genes del desarrollo en los ensambles de VELVET OASES y Trinity. El porcentaje total de genes encontrado fue mayor para el ensamble de Trinity. Teniendo en cuenta los resultados previos, se ensamblaron el resto de las muest ras con Trinity, obteniendo valores de métricas y coberturas muy buenos. Además se compararon los transcriptomas con proteomas publicados como medida de homología entre especies. En este trabajo se compararon distintos métodos de ensamble de novo y se selec cionó el que mejor se adaptó a nuestros datos y experimentos

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Disciplinas:
Ciencias e Investigación - Tecnología

Palabras clave :
Transcriptoma de Dalbulusmaidis

Descriptores:
INSECTOS FITÓFAGOS - PLANTAS COMESTIBLES PARA FITÓFAGOS - MAÍZ - MONITOREO DE PLAGAS - BIOINFORMÁTICA

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